氨基柱可同时用于正相条件和反相条件；但是要注意正相溶剂和反相溶剂往往是不互溶的，对这一点的忽略可能会带给使用者一些麻烦。对于新柱首先请注意打开分析测试说明书，了解柱子的保存溶剂。如果保存溶剂与你将要使用的流动相极性不同不会互溶，请先用异丙醇过渡。过渡过程中注意因异丙醇粘度较大，会导致柱压很高，适当调低流速即可。如果要使用的流动相中还含有缓冲盐类，建议在用分析流动相之前，先用不含缓冲盐的同比例流动相过渡，这样可避免缓冲盐在分析柱内的析出。
简析氨基柱的液相测定实验：
一、实验仪器及材料
液相色谱，4.6×150mm色谱分析柱。
40mM NaH2PO4，甲醇(HPLC级别),乙腈(HPLC级别)，超纯水，Borate Buffer（缓冲液），OPA（衍生剂）；
若测定胞内氨基酸：细菌过滤器，玻璃珠，Breaking Buffer，玻璃珠（直径0.5mm）。
二、实验步骤
1.样品的处理
细胞外氨基酸的提取：
（1）取菌液1 mL离心（12000 rp/min离心10min）得上清，将上清转移至另一个1.5 mL EP管中，-20℃保存。
（2）用细菌过滤器过滤样品，待测。
细胞内氨基酸的提取：
（1）取菌液1 mL离心（12000 rp/min离心10min），得到菌体沉淀（保存在-20℃冰箱中），加入1mL Breaking Buffer重悬。
（2）加入等体积玻璃珠（直径0.5mm），振荡30 s，冰浴放置30 s，重复8次。
（3）4℃，12000rpm，离心10 min，取上清，用细菌过滤器过滤，待检测。
2.流动相配制
流动相A：(40mM NaH2PO4)：称取12.48g(或6.24g)NaH2PO4.2H2O固体粉末，溶于2L(或1L)超纯水中，*溶解后，用饱和NaOH调节PH至7.8。采用真空抽滤泵抽滤，抽滤后超声波除气1h。
流动相B：乙腈(HPLC级别)。
流动相C：(乙腈：甲醇：超纯水=45:45:10)：用洁净的量筒分别量取乙腈450mL，甲醇450mL，超纯水100mL，混匀。
流动相D：超纯水。
三、HPLC操作
1.前期操作
（1）在开始菜单中打开“CAGBootp”，点击“Bootp”打开软件包。
（2）打开HPLC仪器5个开关。
（3）首先用水（流动相D：100%），流速1 mL/min冲洗系统，待水从端口处流出时，连接柱子，待再次从柱子另一头流出时，将柱子连在仪器上。
（4）再用50％的乙腈（流动相C：50%,流动相D：50%）冲洗柱子约30 min（压力在50Pa左右）。
2.冲柱子程序
流动相为包括A和B。A为40mM NaH2PO4水溶液(pH=7.8)；B为甲醇，乙腈和双蒸水的混合溶液(45:45:10）。先设置打一针水，标准进样，流量1ml/min,持续时间:80min。
3.进样测定
1孔为borate buffer，2孔为水，3孔为opa，后面为样品。
进样参数：流量2.00ml/min，进液量3.5μL，检测波长338 nm，柱温40℃，梯度洗脱。
4.洗柱子
待样品打完后，现用水冲洗30min（流动相D：100%），再用50％的乙腈冲洗约1h（流动相C：50%,流动相D：50%），后用100％的乙腈冲洗约30min（流动相C：100%）。
5.实验完成后将仪器关闭，柱子保存好。
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