氨基柱在含水量多的情况下是很不稳定的。也不宜在强酸的环境下使用。用的是缓冲液则先用水/乙腈清洗再用乙腈，氨基柱其本质属于正相柱，使用氨基柱除了采用正相系统作为流动相以外，一般还采用乙腈-水作为流动相，但是要求乙腈的含量不得低于80%，含水过多的流动相对氨基柱有损害，一般尽量不要用含水过多流动相。建议用小流速的异丙醇冲洗过夜试试。氨基柱是同时可以用于正相条件和反相条件的，这一点很多用户都已经知道；但是要注意到的是：正相溶剂和反相溶剂往往是不互溶的，对这一点的忽略可能会带给使用者一些麻烦。NH2柱是在硅胶上键合一个5碳NH2;CN柱是在硅胶上键合一个5碳CN基;NH2.CN都为两相柱。
氨基柱的清洗：
简单说起来，正相条件下使用的氨基柱你就参照硅胶柱的清洗方法；反相条件下使用的氨基柱你就参照C18的清洗方法。
平时在正相条件下使用：
首先用50倍柱体积的异丙醇清洗，因异丙醇粘度较大可适当放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用异丙醇过渡回到平常使用的正相流动相，即可。
平时在反相条件下使用：
缓冲盐应及时冲洗，以及不能直接用纯甲醇冲洗缓冲盐等，属常识就不作特别交待了。 用50倍纯甲醇冲洗；之后，用异丙醇过渡后，用二氯甲烷冲洗色谱柱；之后，再用异丙醇过渡回来到甲醇条件下。
这些清洗方法，主要是针对当样品中有杂质逐步吸附累积到填料上时的处理方法，色谱柱表现行为为诸如柱压增高柱效降低等。
氨基柱既可以正相使用，也可以反相使用，但是要注意到的是：正相溶剂和反相溶剂往往是不互溶的，正常情况新氨基柱保存在正相环境中，例如LUNA氨基柱保存在正己烷-乙腈（99：1）中。而我们做糖分析是用反相流动相，所以要先用异丙醇过渡。
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